Juan Bernardo es Arquitecto de la Universidad Nacional de Colombia (2002) y egresado del Advanced Master of Architecture del Berlage Institute, Postgraduate Laboratory of Architecture, en los Países Bajos (2007). Se graduó con el proyecto colectivo Brasilia, the City as Political Form, dirigido por Pier Vittorio Aureli, Martino Tattara y Elia Zenghelis, el cual fue presentado en las Bienales de Arquitectura de Venecia (2007) y Rotterdam (2008). Para sus estudios de maestría fue beneficiario de la beca-crédito de Colfuturo y de la beca Huygens de Nuffic, un programa del gobierno neerlandés de apoyo a estudiantes internacionales.
Tras finalizar sus estudios de posgrado, trabajó en Rafael Viñoly Architects, en la sede de Londres, donde hizo parte del equipo encargado del plan maestro para la recuperación de la antigua estación de energía de Battersea, en Londres, y del proyecto de desarrollo mixto Raffles City, en Baréin. En Colombia, ha trabajado como arquitecto diseñador y director de proyectos, y ha colaborado con el estudio de arquitectura y diseño fundado por Guillermo Restrepo. Actualmente co-dirige este estudio junto con Juan Carlos Vargas, liderando proyectos de arquitectura, paisaje, arquitectura interior y diseño y producción de mobiliario.
Ha sido profesor en la Universidad Nacional y en la Universidad Piloto, profesor invitado en otras universidades del país, y consultor de proyectos en la Universidad Nacional. Desde 2022, es profesor del Departamento de Arquitectura de la Facultad de Arquitectura y Diseño de la Universidad de los Andes, donde ha ejercido como profesor de cátedra, profesor especialista y, actualmente, como profesor de planta en la categoría de profesor asistente.
Sus intereses en investigación y docencia giran en torno a temas contemporáneos en arquitectura, como el rol de la arquitectura del paisaje frente a los retos de la crisis ambiental, los límites disciplinares de la arquitectura en el contexto global, las aproximaciones alternativas al problema de la vivienda, el reuso de edificaciones y las metodologías de diseño contemporáneo en el marco de la investigación-creación.